本发明公开了一种多元液态复合微生物肥料及其制备方法,涉及一种含有加入细菌培养物、菌丝或其他类似物的有机肥料及其制备方法。包含有10%NPK,2%的锌锰硼,10%的赖氨酸,0.8%腐植酸,6%的微生物发酵液,地衣芽孢杆菌含量为5亿CFU/mL(g),枯草芽孢杆菌含量为5亿CFU/mL(g)。本发明的目的在于提供一种新型多元液态复合微生物肥的制备方法,该方法采用高新合成技术将有益微生物、腐殖酸(有机物质)及无机营养元素复合而成的一种新型肥料。本发明的多元液态复合微生物肥料中多元液态复合微生物肥料中的有效活菌数≥1.0亿个/mL。本发明用于农业技术领域。