本发明公开了一种亚临界流体萃取胡芦巴中土大黄苷和丹叶大黄素的方法。该方法,包括如下步骤:将胡芦巴种子粉碎后加水进行亚临界萃取,收集上层萃取液,离心,收集上清液,浓缩,完成所述土大黄苷和丹叶大黄素的萃取。所述粉碎步骤中,筛孔的目数为40-60目。粉碎后的所述胡芦巴种子与水的用量比为1g:15-25mL,具体为1g:20mL。所述亚临界萃取步骤中,温度100-200℃;压力2-6MPa;时间为20-60min;萃取的次数为1-3次。该方法有效缩短了提取时间,简化了提取工艺,消除了提取过程中有机溶剂的污染,成本低,适合工业化生产。