本发明公开了一种MOCVD自动化控制系统,包括执行模块和控制模块,该执行模块包括分别用于控制反应室内温度、压力、气体流量的温度控制模块、压力控制模块、流量控制模块,该控制模块可通过PID算法控制执行模块,该控制模块的扫描单元实时扫描所述执行模块,并自动记录扫描得到的执行信息到内置信息记录单元,同时传送执行信息至与控制模块连接的人机界面模块。本发明自动化程度高,可以自动检查和模拟MOCVD工艺,实现对MOCVD工艺的调整和优化,并且无需生长经验也可操作使用,同时能够大幅减轻工艺人员的工作量,还可以大大节省工艺搜索带来的能源,原材料及人力的巨大浪费。